Werden die klinischen Symptome der Kolidiarrhoe im Bestand beobachtet, gilt es in der Diagnose die Beteiligung von E. coli nachzuweisen. Entscheidendes Kriterium einer Diagnose von E. coli bedingten Durchfallerkrankungen ist der Nachweis von Enterotoxischen E.coli (ETEC) im Darm.
Kotproben können rektal entnommen werden. Ein erstes Indiz ist der Nachweis hämolysierender E. coli im Kot, diese sind zu 80% pathogen. Durch Serotypisierung der Isolate (Bestimmung der O-Antigene) oder durch den molekularen Nachweis der typischen Fimbrien (z.B. F4, F5, F6, F18, F41) sowie der Enterotoxine (LT, ST) oder Shigatoxin über die PCR kann der Verdacht bestätigt werden. In jedem Falle sind aber die übrigen Auslöser für Diarrhoe bei Saugferkeln diagnostisch und therapeutisch zu berücksichtigen, weil es sich häufig um Mischinfektionen handeln kann.
Der Kolidiarrhoe ähnliche Krankheitsbilder müssen bei der Differentialdiagnose unbedingt berücksichtigt werden.